家庭教会的法律地位问题直接由与“三自”的关系体现出来。因此我们在此仍有必要对“三自”略加介绍与分析。“三自”具有两层含义：作为一个神学观念，以及作为一个政治的或民间的组织。
作为神学含义，说的不过是，一个教会要尽量作到自力，不依赖外来的力量而生存。就这一层面而言，三自这一神学思想也有道理。那么用此标准来衡量家庭教会与“三自”教会，哪个做到了三自呢？《爱筵》总第11期报道，“三自”组织每年接受海外的款项仅区区几笔就超过数亿元。家庭教会接受的外援则少得可怜。“三自”组织反复说明其宗旨是要去掉教会“洋”的记号，那么如果这真是“三自”组织的目的的话，那么绝大多数的家庭教会是与“洋”字丝毫没关系，因为他们都是最近二、三十年才出现的土生土长的教会。解放前中国倒是还有一些本色化的神学家，解放后，在“三自”组织的领导下，一个本色化神学家也没有。
在中国，谈论三自，更多的是在谈论“三自”作为一个政治的或民间的组织。说它是个政治机构，因为其许多领导人都属于国家干部编制，拿国家俸禄，享国家津贴，像丁光训都在享受部级干部待遇。所以有人说，“三自”就像中国红十字会，至少应该被视为一个准政府部门。说它是民间组织，因为基层的“三自”教会的牧师在财务上是独立的，并且是在民政部门登记注册。
“三自”自称是个服务教会的组织，应该说“三自”当理所当然代表教会的利益，就象工会代表职工的利益一样。但是“三自”给人的印象却是在代理国家政府部门管理教会。“三自”的牧师每月定期要到宗教局开会，甚至充当政府的信息员（也就是线人）。在沛县的政府工作报告中有这样的报道：
沛县推行信息员机制 做好基层宗教工作 |
基层宗教工作复杂、敏感，为及时准确掌握情况，沛县县委统战部、县民宗局强化信息意识，建立有效的信息收集、传输机制，确保信息渠道的畅通。在宗教工作任务重的地区，镇村二级设立了信息员，建立了信息网络和信息反馈机制。镇级信息员原则上由各镇统战委员担任，负责全镇宗教信息的采集和上报，既要报喜又要报忧，既要报轻又要报重；村级信息员由信教骨干人士担任。有情况随时上报，无情况定期报平安，对工作突出的村级信息员实行一定的物质奖励。信息员机制的建立，为全县宗教工作的动态管理提供了保障。今年以来，根据信息员的举报，全县共清理了三处佛教私建点，五处基督教私设点，处理了非法传道人七人，全县宗教工作平稳有序。
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上文中提到的“基督教私设点”无疑就是家庭教会，“信教骨干人士”无疑指的是“三自”组织里的人。这里明确地指出，“三自”组织的人在积极为政府管理教会，并且重点之一是帮助政府取缔家庭教会。（说白了，就是三自的人在出卖家庭教会）
家庭教会与“三自”组织的关系应该是基督教内部的事务，但因为“三自”在教会中的形象是与政府的交往太密，以致许多时候人们在与“三自”组织交往时，不知道是在与教会打交道呢，还是在与政府打交道。如教会的登记。有一家庭教会的牧师去找民政局登记，民政局说要找宗教局，他于是找到宗教局，宗教局却说，要去找“三自”组织。“三自”组织的这种与政府的这种特殊的关系使家庭教会的人士对“三自”组织望而生畏。“三自”自己也说是代表政府向教会说话，对于家庭教会而言，这是政教合一的表现之一。故在短期内，家庭教会是不可能加入“三自”这一组织的。
如果我们回顾一下历史，我们就更能明白，为什么家庭教会对“三自”这一组织顾虑重重。1949年，基督教有信徒84万，教会7000所（天主教大概有300万信徒）。就在这段时间，“三自”组织开始处于酝酿阶段。认识一个组织的较好办法是认识其领袖人物。以下是“三自”运动中的主要人物：
- 吴耀宗（1893－1979）：1948年在《天风》上指责中国基督教是帝国主义侵华的工具。吴的信仰是自由派的背景，否定《圣经》中的神迹。王明道与他曾有过激辩，详见王明道所著《我们是为了信仰》一书。连香港亲“三自”组织的梁家麟博士也指出，吴耀宗早在二十世纪三十年代就成了共产主义的信徒。
- 丁光训：丁光训提倡一种“行善神学”，认为人行善就可以进天国，例如雷锋。连“三自”组织里面的许多牧师都说他是异端。他的另一著名观点是，他说他的信仰是个椭圆，有两个中心，一个是中国，一个是基督。丁将地上的国取代天上的国，不是异端是什么？一位大陆籍的基督徒写了一本书，名为《一个不信派的标本》，指出丁光训是不信派，这书最开始在《生命季刊》上发表，后由美国著名牧师王永信主持的大使命中心出版成书，可见海内外许多福音派领袖都认为丁光训不是一个真正重生得救的人。赵君影就曾写信给丁光训，质问他“你是否是一位基督徒”？也多次有人问丁，他是否是共产党员，他总是含糊其词，说当共产党员与做基督徒并不矛盾。
- 李储文：原上海国际礼拜堂的牧师。在文革中，红卫兵小将到他家抄家，发现了他的中共党员证，他的真实身份才暴露，原来他是已有数十年历史的地下党员。文革结束后，他被中央派去香港当任高官，官拜部级。李目前已退休在上海养老。
- 赵复山：也是“三自”组织的发起人之一。后转业到中国社科院工作，出任党委书记并院长，也是老中共党员。“六四”民运后，他因支持民运，知道政治生涯可能会受挫折，因此叛逃到了美国。
我们对共产主义信仰者并没有成见，上帝一样爱共产主义信仰者。但一个人对自己的信仰应该光明磊落，尤其是一个公开声称自己是基督徒的人，不能够公开说一套，背后又是一套。
1950年4月，周恩来总理召见吴耀宗，指出要清算在基督教里甘心做帝国主义走狗的教徒，要清除宗教界的害群之马。谁来定谁是害群之马？周恩来如何知道教会内的事？从一开始，我们就看到，政府在插手基督教内的事情，而政府之所以能成功，全赖于像吴耀宗、丁光训一类的人从中协助。吴耀宗说：“我们到北京去访问政府首长的时候，目的是要请他们帮助我们解决基督教的许多问题；……周总理指出基督教同帝国主义在历史上的联系；……周总理所做的清楚的分析，却给了我们一个深刻的印象和鲜明的启示，这个启示是什么呢？用一句简单的话来说，这个启示就是基督教应当自动地肃清帝国主义在它里面的力量和影响” “根据周恩来的指示，制定一个基督教今后在中国的途径的一个方案。”从以上寥寥数语我们就可以认定，“三自”的产生从最初就不是圣灵的带领，而是人的意志，是政府部门作主导的一场政治运动。一个教会领袖竟然卑躬屈膝到政府部门去请求指示如何治理教会，这真是教会史上的奇耻。
1951年4月25日，“三自”组织筹委第一次会议通过了要“普遍展开对潜伏在教会内部之帝国主义分子及败类之控诉运动”的决议。这完全是效法了中共党内搞阶级斗争的做法。在这次会议后，1951年9月23日，“三自”组织召开大会，控诉“帝国主义分子及其走狗，毕范宇，骆爱华等18人，包括陈文渊主教。”吴耀宗在《中国基督教的新生》一文中说：“这个会议有了辉煌的成就，……第二个成就就是两天的控诉大会”，而且吴耀宗认为搞控诉会是主耶稣所提倡的， 这恐怕是教会史上前所未有的谬论。
刘良模是位资深的教会领袖，以前在教会中享有盛名，他加入“三自”组织后却在主日的讲台上作题为：“怎样开控诉会？”以后控诉大会都是在教会里举行，往往有几百人参加。这样，一个宣传圣洁、主爱的教会，竟成了一个提倡搞阶级斗争的场所。吴耀宗在其著作《共产党教育了我》里说：唯有共产主义才能救中国和救全世界。在他的文章中我们很少看到他会提主耶稣对他的教导。这一风格在丁光训的文章中也尤为明显。
1949年，中国有五、六十间神学院，但在“三自”组织的管理下，神学院萎缩到仅有十来间。以前上海有200余间教会，“三自”组织认为这是搞宗派的结果，他们搞“三自”运动就是要消灭宗派，经过“三自”组织的努力，宗派消灭了，教会也就所剩无几，上海教堂到现在也只有8所，北京的属“三自”组织的教会也是屈指可数。透过“三自”组织的控诉大会，1950年至1953年期间，遭害的基督徒有一万人，罪名是地主恶霸、反革命，被抓坐牢的有6万多，这只是可统计出来的，更多的是更根本就没在统计内。1954年“三自”组织正式成立。二十年前，共产党在实行改革开放之初就对其以前的一些错误做法进行了深刻反思，该纠正的纠正，该道歉的道歉。但“三自”组织对以往的错误至今无一句道歉的话，可以说外邦人在政治上的悔改比“三自”组织做得还深刻。
到文革期间，“三自”组织与其他宗教团体一样被完全取缔。改革开放以后，“三自”组织又得到恢复。1979年，宁波重开了第一间“三自”教会。“三自”系统中现有一万来间教会，十三所神学院。1980年代，在三自爱国委员会之外又设立一个平行的机构：中国基督教协会。1980年第三届全国基督教大会确定三自领导人为丁光训，其后是韩文藻，现在是季剑虹长老。不过，丁光训仍然是目前三自最有影响的人物，代表基督教界担任全国政协副主席，同时是三自的名誉主席，基督教协会的名誉会长，以及南京金陵神学院的院长。南京金陵神学院可以说是“三自”组织的最高学府，据那里的毕业生说，丁光训院长在那里是搞独断专行。1999年，有六位学生因对金陵神学院的一些做法产生了不同的意见，而被金陵神学院分两次开除，这六位是崔秀吉、陈顺富、陈泳和罗云飞、刘义春、李志敏。而这不同的意见不过是这些学生建议在五四纪念活动上多唱两首属灵的歌曲，而不要唱世俗的歌曲。丁光训在开除他们时说：“金陵是一所三自爱国运动所办的神学院，是高举爱国主义的，目的是培养爱国的，拥护共产党和社会主义祖国和走三自道路的教会工作人员。既然这些学生不同意金陵的办学方针，他们就应退学。”
“三自”组织常常有一些令人可笑的宣传：“要广传福音，必须实行‘三自’；要建立教会，必须实行‘三自’ （教之十八，第3页）； ‘三自’的政治意义合乎《圣经》（教之十八，第73页），‘连自己的祖国也不爱，哪有基督的博爱呢？’（教之十八，第77页）”。我们应注意的是，这里所谓的“三自”，指的决不是三自这一神学思想，而是“三自”这一组织。也就是说，只有加入“三自”组织才能传福音，而且不加入“三自”组织就是不爱国。但今天的事实是，广传福音的人信徒都是家庭教会的成员，“三自”组织没有差派一位宣教士宣教，而家庭教会的宣教士的足迹已遍布全中国，甚至已向海外宣教。至于只有加入“三自”才能爱国，那是一派昏话。
这里再举一个例子。“三自”组织的神学教材中有这样一个问题：“宗教在我国社会主义条件下为什么会长期存在？”教材的答案是：1 旧社会遗留下来的旧思想。2 目前生产力低，文化教育，科学跟不上，一些病不能医。3 有种种困苦和不幸。4 阶级斗争和国际上的敌对势力（教之十八，第134－135页）。 “三自”组织在告诉我们，如果上述的四个条件消失，那么宗教就会消失，宗教消失，不也就意味着耶稣不会再来。我们实在是看不出，“三自”组织的思想与无神论的唯物论思想有任何差别。家庭教会的著名领袖林献羔一针见血地指出：“某些基督徒对‘三自’组织反感，不是别的，正是因为‘三自’把教会原先有的头基督架空了，变成最多是一个装门面的假头，真头却换成了政府，且把政府放在至高神之上，这是基督徒不能接受的主要原因。”
梁家麟：《吴耀宗三论》，香港建道神学院出版，1996年，第16页
中国基督教三自爱国运动委员会：《中国基督教爱国运动文选》，1993年，第10－11、16页。
中国基督教三自爱国运动委员会：《中国基督教爱国运动文选》，1993年，第27页。
《三自爱国政法常识》 ，《圣经》函授班教科书之十八，一九九五年九月，简称教之十八。
