就象对佛教徒而言，天主教与基督教没有什么区别，对许多局外人来说，家庭教会与“三自”组织好象也没有区别。但是家庭教会与“三自”组织的区别实在是抹杀不了的。在谈家庭教会与“三自”组织的异同时，我们要特别强调一点，不加入“三自”组织，并不意味着反“三自”组织，更不意味着反政府，这是再简单不过的道理。这就如同我们不加入佛教协会，不意味着我们反对佛教，更不意味着我们反政府。说不加入“三自”组织，就是反“三自”组织，反“三自”组织就是不爱国，不爱国就是反对政府，这是荒唐的逻辑，这套逻辑曾在文化大革命中泛滥成灾，将无数无辜公民，包括共产党员送进监狱。今天我们要对仍然推行这套荒唐逻辑的人大声说“不”，如今已是法治时代了。
家庭教会与“三自”组织有没有神学上的分歧呢？或分歧是不是大到足以可以称至少是两个不同的宗派呢？这里我们可以从两方面来讨论这个问题，一是查看家庭教会领袖的看法，二是查看国际上的看法。家庭教会的公认领袖王明道就认为“三自”组织和家庭教会不是同一个信仰体系，关于这一点，只要查一查王明道的书籍就可以知道。林献羔、谢模善、李天恩等资深的教会领袖都与王明道一样，认为“三自”组织和家庭教会不是同一个信仰体系。现在我们重点看看国际上的看法。现任马来西亚《圣经》神学院老师陈金狮先生在他的专著《大背道》一书中对现代派（又称为不信派）和福音派的区别有详细论证。现代派的代表组织是普世教会协会，该协会成立于1948年8月。现在有100多个教派参加，包括了“三自”组织。这个协会鼓吹“新普救论”，认为“救恩已经完成，全世界已经被赎”，所以不管信不信耶稣基督为救主，任何人都已得救。丁光训也是持这种观点。在1973年的曼谷普协会议上，大会更是提倡，神也透过其他宗教，如印度教，甚至无神论向基督徒说话。该大会的报告中有这样的记录：“我与你一同欢呼啊，我的弟兄，因为你变成一位无神论者，藉着神的恩典。”一个人成为无神论者，基督徒居然应该替他感到高兴，而且说这是神的恩典。将这话拿到任何一个家庭教会去讲，都不会有人同意的。所以这本书的名字就叫《大背道》，说普世教会协会已大大与主耶稣的真道背道而驰了，福音派的教会都同意这个观点，所以绝大多数的福音派教会是绝对不会参加这个协会的。现在“三自”组织参加了这个协会，我们家庭教会不参加，是一件十分自然的事。因为“三自”组织与家庭教会至少是分属两个不同的教派。海外有许多福音派基督徒就坚决不认同“三自”组织，如王永信等著名牧师。
事实上，家庭教会有着自己鲜明的特点和立场。根据海外学者赵天恩博士的研究，家庭教会有五大信仰要素：
- 对上帝主权的体认。我们认为教会只有一个头，那就是主耶稣基督。异端认为教会可以有两个头，一个是耶稣，他们还可以有另外一个头。丁光训的观点很清楚，他的信仰是个椭圆，有两个圆心，也就是两个头。
- 对苦难真谛的体认。困难是神给教会的祝福。走窄路是家庭教会的自觉选择。从某种意义上来说，我们要感谢这五十年的困难。因着逼迫，教会得到纯洁。
- 对教会的体认。教会是神国在地上的体现，是我们属灵的家。我们要对教会百分之百地委身。但我们对教会的忠心并不意味着我们对国家忠心的消减。上帝的城与地上的城不是一会事。上帝的归上帝，政府的归政府，政教一定要分离。
- 对大使命的体认。大使命是教会的生命线，如果一个教会不传福音，这个教会就失去了在地上存在的任何意义。著名传道人滕近辉说：“有史以来，宣教与差传事工始终执掌着教会的命脉。福音精兵世世代代勇往直前，无不以主耶稣亲自授托的大使命以及使徒们的教训作为他们最高的准绳。” 现在全国每个县，每个少数民族都有家庭教会的宣教士在传福音。
- 对圣灵内住的体认。家庭教会强调圣灵在这个时代的工作，没有圣灵的引导，教会就会失去方向。一个教会可以不依附任何组织，但绝不能没有圣灵的引导。
“三自” 组织还有许多理论是我们家庭教会不敢恭维的，有的则是大大过时。还是让我们来看一看“三自”组织自己的出版物，说明“三自”组织的许多内容为什么不合圣经，不合时代的潮流。在中国基督教两会于2000年出版的《三自50问》中，有这样一段话：“第4问：三自组织和爱国有什么必然联系吗？答：三自组织本身就有着强烈的反帝爱国色彩。可以说，爱国主义是三自组织的思想基础，实行三自组织是中国基督徒反帝爱国的具体体现。第5问：为什么一提到基督教的三自组织爱国就离不开反帝这一内容？答：这是历史造成的必然结果……他们有的直接支持中国的反动派，反对中国的公民，公开地与中国人民为敌。爱国就必须反帝，这是历史赋予中国基督徒的责任。”
“三自”组织自己承认，它的基础是爱国主义，而不是圣经。在解放初期，许多中国基督徒觉悟不高，政府不便直接出面教育基督徒反帝拥护新中国，而通过“三自”组织来动员基督徒反帝爱国，这是情有可原的。但今天，中国的绝大部分基督徒都是解放后出生的，解放前出生的70万基督徒已所剩无几。我们这一代基督徒在学校早就接受过完整的反帝爱国教育，而且个个拥护共产党的领导，没有不爱国的。“三自”组织认为人人要通过加入“三自”组织才能有觉悟来爱国纯粹是自作多情，这就好象在说我们要加入“三自”组织才知道如何煮饭。我们在没有成为基督徒之前就是爱国者，成为基督徒后就更爱国了。况且，今天媒体如此发达，政府提倡政务公开，中央政府有什么精神，我们一下就知道了，“三自”组织又不比我们先一步知道如何爱国，为什么要入“三自”组织才能爱国，这叫人实在想不通。再则，帝国主义这个词现在已很难看到了。当时提出反帝就是反美帝和西方一些国家，现在美国已不是我们要反对的敌人。中央政府一再提出不搞对抗。请问“三自”组织，你反帝到底指的是哪个国家？你是不是在想挑起国际矛盾？当然，如果美国、日本或任何一个国家对我们有挑衅行动，我们则坚决支持我们政府去讨回公道。如美国炸了我使馆，中国政府要求美国赔偿，美国后来赔了几千万美元，令每一个我们中国人扬眉吐气。在上街游行抗议美国人暴行的队伍里就有许多年青基督徒。在其他一些国际问题的立场上基督徒也是一样地拥护我国政府：如日本占领我钓鱼岛，我们拥护政府的立场；印尼伤害我侨胞，我们拥护政府立场；菲律宾无端扣押我国渔民，我们拥护政府立场，等等。今天的爱国主义是建立在国际法上，而不是建立在反帝上。我们抗议美国、菲律宾等国的原因，不是因为他们是帝国主义，而是因为他们没有按国际法准则来办事。套用一句商业用语：要接受爱国教育，我们可到中央政府那里直接进批发，为什么要”三自”组织来作中间商，或零售？
至于支持“中国的反动派”，这反动派指的就是国民党，蒋介石。那是政治问题。政治上的东西都是此一时，彼一时的事，无永恒性可言。周联华是蒋介石的私人牧师，现在不照样来大陆，且受欢迎？而我们家庭教会只支持我们的政府，支持祖国统一大业。在中国早已取消了“反革命”这一罪名，没有“反革命”，何来“反动派”？我们只知道有“守法”与“违法”之分。“三自”组织的提倡者远远落后于时代，所用的都是一些社会上早已遗弃的极左词汇。
“第30问：我国各级基督教三自爱国组织的职能是什么？答：它的基本职能是1正确而及时地传达政府的指示。2及时地向政府反应教会的要求。”前面我们已经说了，政府的法律、政策都是透明的，我们完全可以从政府直接领受，无需一个中间商。至于对政府的要求，可以说我们基本上没有。有的话，也可直接向政府反映。现在各级政府都开通了直拨热线电话，人民政府直接受理公民的反映与要求，故亦无需一个中间商。而且每个地区都有人大代表，我们的意见可以由人大代表来阐述。家庭教会每时每刻想的不是向政府提要求，而是向同胞传福音，故家庭教会觉得毫无必要去参加“三自”组织。
“第32问：怎样才可以成立三自爱国运动委员会？答：绝大多数信徒有成立三自爱国运动委员会的要求。”在家庭教会，绝对没有这样的绝大多数，连少数都找不到。为什么还要家庭教会加入“三自”组织呢？
在第50问中，“三自”组织认为“对三自有公开提出异议”的人，就是“破坏葡萄园的小狐狸”。 “三自”组织领导人的心胸之狭隘由此可见一斑。现在连共产党都在党内积极推行民主制，在社会上，村一级的行政单位都实行直选。共产党欢迎公民提出异议。“三自”组织却落后于整个国家的形势，在“三自”组织内的言论自由还远远不如社会上的宽松环境。家庭教会虽有许多不足，但发表不同的意见还是日常生活的一部分。家庭教会的代表刊物《爱筵》上就常常有批评的舆论。
另外，中国国家领导人从五十年代算起，到如今都已换了四代领袖了。这样中国领导层就总是充满了活力。但是“三自”组织的领导人呢？却还是五十年代的那批人，如丁光训等先生们。我们对他们虽尊敬，但他们毕竟是半个世纪前的人物，他们的思想仍停留在那个年代，还在提反帝，还在提要防止反华分子渗透，都是一套冷战时期的语言。特务当然要防，但那主要是国家政府机关的事。国家没有授权给我们普通公民去调查谁是特务，谁是反华分子。如今是法治时代，每个公民都要尊重他人的隐私。弄不好，我们就在犯法，侵犯了他人的人权，这是中华人民共和国的法律所不容的。可以说，“三自”组织是在教唆人去作违法勾当。我们一般公民也没有掌握任何国家机密，所以没什么特务好防的。“三自”组织的思维完全是滞留在了五十年代。
陈金狮：《大背道》，天道书楼，1990年，第9页。
李保乐：《三自50问》，中国基督教两会出版，2000年。 《三自爱国政法常识》 ，《圣经》函授班教科书之十八，一九九五年九月，简称教之十八。 林献羔 《三自问题》 第9页，1996年
陈金狮：《大背道》，天道书楼，1990年，第9页
