中国是党政一体的国家，由党委领导国家政府部门。因此在管理宗教事务上如同其他方面，共存有两套体系来管理，一是党委，二是政府部门。
党委系统：由宣传部和统战部负责宗教工作。例如我们读到江苏沛县党委的工作报告：“基层宗教工作复杂、敏感，为及时准确掌握情况，沛县县委统战部、县民宗局强化信息意识，建立有效的信息收集、传输机制，确保信息渠道的畅通”；另一条报纸报道：“江苏省邳州市市委成立了四个治理工作督查组，督查组由市四套班子分管领导为组长，抽调统战、民族宗教、公安、民政等部门人员为成员，负责检查市治理基督教私设聚会点情况。邳州市352个基督教私设聚会点的治理任务得到落实。”
大冶市市委的统战报告说：“大冶市共有86万人口，各类统战对象31627人。有4个民主党派支部，成员69人；党外知识分子8400人，其中中级职称以上3500人；副科级以上党外干部32人，其中副处级干部3人；工商联会员2627人，工商联基层分会16个；台胞3327人，台属15616人；全市有侗族、壮族、蒙古族等11个散居少数民族，共620人；宗教教职人员576人。 1、理顺工作机制。对民宗局实行市委、市政府双重领导，归市委统战部管理。健全管理网络，成立了佛教协会，基督教“三自”爱国运动委员会、基督教协会、道教筹委会四个爱国宗教团体，同时明确了各团体基层负责人，明确了工作职责。2、狠抓了宗教法规宣传教育。举办宗教界人士培训班和巡回宣传宗教政策法规学习会18次，参训人数637人次。选派了24名宗教界代表人士到省、市社会主义学院和培训班学习。编印宗教政策法规宣传资料1万余册，增强了宗教界人士的法律意识。”这里我们都清楚地看到，统战部是背后管理教会的主导力量，连“三自”组织也是在统战部的领导下成立的。
政府部门：从以上的报道中，我们可以得知管具体工作，参入此方面工作政府部门有：宗教事务局（又叫民宗局，即民族宗教局简称）、公安局，其实还有国家安全局。在中国有种机构为半官方半民间，这种机构可以称之为准政府部门，如街道居民委员会，这是一种民间机构，但其主要负责人却拿国家的薪水。天主教爱国会、三自爱国委员会也可以算是一种准政府部门，因为三自的省市级的主要负责人都是拿政府工资的。这些准政府机构也起着管理家庭教会的作用。
宣传部和统战部只负责制定政策，监督政策落实的情况，也对外攻关，这又叫统战。宣传部负责思想方面的工作，如监督出版物，包括教会的出版物。统战部同时监督宗教部，民族事务，青年工作，妇联会，民主党派。直接出面与教会打交道的则是由政府各部门来负责。每一年统战部都要开会，招待党外社团的负责人。家庭教会与统战部打交道的机会极少，一般是与宗教局、公安局、国家安全局打交道。但“三自”领袖年年要参加统战部的各级会议，这些会议通常在报纸上都有报道。
作为基督徒，我们有必要了解中共的统战观。按照中共的认识，世界存在有主要矛盾、次要矛盾。如果一个弱小力量要成功，就应该联合各个次要的力量（矛盾），来对付主要的矛盾。当把主要的矛盾解决后，次要的矛盾就会要上升成为主要矛盾，于是又联合其他次要矛盾，来对付新的主要矛盾，直至最弱小的力量成功。当弱小力量壮大到一定程度时，很可能就不必再去麻烦联合次要矛盾，而可以将次要矛盾都统统一网打尽。统战部所作的工作就是分析、掌握情况，谁是主要矛盾。
其实，这是政治上的一种谋略，在古代，叫纵横捭阖。说穿了，就是你利用我，我利用你。没有永久的朋友，也没有永久的敌人。这在政治上当然行得通，很有效且高明。但对一个追求神的国的人，《圣经》却要求我们永远以爱心待人。这样我们势必面临一个挑战：我们愿意爱一切的人，但同时得作好思想准备，那就是不一定别人会总是将我们当朋友看。你今天可能是朋友，明天也可能是敌人。中国人民公安大学张纯莉教授曾解释政府的一项政策：目前中国宗教信仰者大多在不正不邪之间，政府就是等他们变邪后再收拾他们。 这句话的意思就是，在统战的策略里，我们可能成为朋友，也可能成为敌人。
例如马克思、列宁认为基督教如同鸦片。什么是鸦片？一个虚幻的精神世界。在这种情况下，我们又如何期待马克思、列宁将我们当成真正的朋友看？许多的基督徒都有疑问，在无神论掌权的国家，宗教究竟能有多大的生存空间？这些问题早在共产主义运动初期就困惑着人们，到今天这些仍然是许多人的基本问题。
统战部管的是政策的制定，具体执行者是宗教局、公安局和国家安全局。在我国实行的是党领导一切，因此宗教工作也是由党委领导。在上面我们摘录的长冶市统战部的工作报告中，我们可以清楚地看到党委在宗教领域的领导功能。
什么是宗教局？国务院下设有一些部、局，如外交部、教育部。国家宗教局是国务院下属的部委级建制机构，说明国家还是挺重视宗教这一领域。宗教局的设立为的就是来管理宗教（有关宗教局的目的、职权、编制及主要领导人，请看附录1：《国家宗教事务局简介》）。
国家安全局主要是对付海外的敌人，公安局主要是对付国内的敌人、犯罪分子，宗教局则是管理涉及宗教方面的问题。下面我们用一、两个具体例子来说明这三个机构是如何共同参与管理宗教的。
北京外国语大学有一查经班。1998年政府部门开始介入。首先是国家安全局的人出面，找了这个教会的带领人。为什么国家安全局的人要介入呢？我们知道，公安局主要是对国内的案件，安全局是对涉及到海外的案件。而这个查经班因为有海外人士参加，所以安全局就介入了。查经班的负责弟兄L被叫去，据他事后说，安全局的人主要是想要套出他们的查经班是否是由海外人士建立，他们是否泄漏过国家机密给海外人士。审问了半天，安全局一无所获，只好在二十四小时内将L弟兄放了。然后公安局介入，这位L弟兄又被带走。公安局审查的理由是他们的聚会影响了周围的邻居生活，是犯了扰乱社会治安罪。L弟兄说，你错了。我常常问我楼上楼下的人我们的聚会是否妨碍了他们的生活，他们均说没有。不信，你可再去问问。公安局根本就没事先调查，纯属诈唬。公安局无法，也只得在二十四小时内将L弟兄放了。后来宗教局又介入，宗教局的人将L弟兄叫去，开诚布公要求他加入“三自”，被L弟兄坚决拒绝。宗教局的人一看不行，就叫已在隔壁坐着的一位“三自”领袖叫来，做L弟兄的思想工作，说加入“三自”是如何地好，还有房子分，但L弟兄是软硬不吃。最后不了了之。
另外一例就没有这么容易了。
2000年六位年青的弟兄姊妹响应中央政府的号召去投入西部大开发，他们去了贵州省凯里市。他们的主要工作是协助一美国弟兄在苗族中做些扶贫项目。他们给小孩义务上课，办了一所学校（此校仍由教育局管理），帮助支持了一些贫困学生。他们深受当地老百姓的爱戴和支持，因为在一年的时间里将一所全乡最差的学校迅速提高到了第三名。结果黔南州国家安全局于2001年7月和8月将他们全部拘捕（其中一人因外出探亲幸免于难），国家安全局根本就无视法律，将他们拘捕后，不通知他们家人，对他们拳打脚踢，非法拘禁他们中四人长达一个月，另一位H弟兄就更久了，长达近五个月。在此期间对他进行了长达18次的审讯，而且将他们的所有私有物品统统没收。给他们的唯一罪名是参加非法聚会，传讲耶稣基督是罪人的救主。H的父母千里迢迢去黔南看儿子，当地国家安全局拒绝他们与儿子相见，这又是严重违法行为，按照中国法律，父母有权见在监牢中的儿女。安全局的人一直试图将他们列为一起海外宗教渗透，这样的罪名将是“颠覆国家安全罪”。 国家安全局反复调查他们与海外的关系，就连他们去看过在当地任教的美国老师一事也查得底朝天。但是最终没有任何证据，只得将H弟兄释放。“颠覆国家安全罪”最高可判10到20年，甚至死刑。最后给他们的唯一罪名是参加非法聚会，传讲耶稣基督是罪人的救主。而海外对苗族的援建项目也随之夭折。
最新的一个案子是，北京基督徒刘凤钢于2001年10月去了鞍山一趟采访了一位公民状告政府的行政诉讼，写出了一篇稿子《我所了解的辽宁鞍山市李宝芝“邪教”一案的事实与经过》，并投到《生命季刊》上发表。刘因此获罪，于2004年8月6日被判三年有期徒刑，罪名是“非法提供国家情报罪”。与刘一起获此罪名而被判刑的还有徐永海与张胜其。
家庭教会出版物《爱筵》总第八期，“宗教与政治”，第45页。
